Когда-то здесь был вход в пещерный комплекс, стояла часовня. На вершине горы были построены часовня и несколько келий для братии.
В пещерах была построена каменная церковь с колокольней.
В годы разорения пещерный храм был полностью разрушен. Кирпич разбирали местные рабочие для ремонта своих печей, а также для совхозного коровника.
На протяжении столетий подземные сооружения расширялись и перестраивались, появились новые галереи и келии. В настоящее время лабиринт пещер представлен ходами и келиями, расположенными в трех ярусах, соединяющимися между собой. В различных ярусах зафиксирована устойчивая температура: 1-ый ярус — 11-12 градусов, 2-ой — 8-9 градусов, 3-ий — 6-7 градусов. Эта температура сохраняется неизменной и зимой и летом. Внутренний микроклимат пещер неповторим, воздух там свежий и чистый.
В ходе экспедиционных работ была определена протяженность подземных полостей — 670 метров (нынешняя протяженность по причине многих завалов, составляет 590 метров). Скановские пещеры по протяженности превосходят подземные сооружения знаменитой Киево-Печерской Лавры (507 метров).
Ученые-спелеологи с уверенностью утверждают, что Скановский пещерный комплекс аналогичен пещерам Киево-Печерской Лавры и Псково-Печерского монастыря, а также пещерному комплексу Вардзиа на юго-западе Грузии.
На месте пещерного комплекса возрождается мужской монастырь в честь преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских. Братия совершают службы в подземном храме в честь этих святых.
Внутри пещер вековая тишина. Необъяснимая свежесть воздуха отгоняет мысль, что находишься в подземелье, нет чувства страха. Наоборот, на душе мир и спокойствие. И невольно склоняется голова в благоговейном молчании пред памятью подвизавшихся здесь ранее монахов-старцев высокой духовной жизни, тружеников, молитвенников за Православную веру, за святую Русь.